В 1996 году на основании приказа МВД России от 15 июля 1996 года № 037 принято решение об образовании Окружного военного госпиталя внутренних войск МВД России в г. Новосибирск. В ноябре 2007 года Окружной военный госпиталь внутренних войск МВД России переименован в Военный госпиталь внутренних войск МВД России. В ноябре 2011 года Военный госпиталь внутренних войск МВД России переименован в 6 военный госпиталь внутренних войск МВД России. В декабре 2011 года изменено наименование учреждения: федеральное казенное учреждение здравоохранения «6 военный госпиталь внутренних войск МВД России». В 2016 году в соответствии с приказом Директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации – главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации от 27 июля 2016 года № 05 федеральное казенное учреждение здравоохранения «6 военный госпиталь внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации», переименовано в федеральное государственное казенное учреждение здравоохранения «6 военный госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации». ФГКУЗ «6 военный госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации» дислоцируется на территории ГБУЗ НСО «Городская клиническая больница №25» в Калининском районе г. Новосибирска.